RunAlyzer è uno strumento che permette di modificare tutti i punti in cui Windows cerca di avviare servizi e programmi. Grazie a questo software è possibile gestire la configurazione dell'avvio automatico del sistema operativo. Oltre alla possibilità di confiugrare alcuni aspetti di Windows permette anche di localizzare e rimuovere hijacker, spyware e altro codice malware presente nel sistema.
RunAlyzer è stato sviluppato per sostituire la sezione Utilità attualmente integrata in Spybot-S&D. L'interfaccia dell'applicazione è suddivisa in Tab ed è estremamente intuitiva. Da ogni Tab l'utente può accedere a specifiche funzioni tra cui l'autorun, la gestione avanzata dello startup, i servizi, il Winsock LSPs, la schedulazione dei task ed i plugin di Internet Explorer.
RunAlyzer permette di gestire gli eventi utilizzando un semplice Flag, se questo è attivo la relativa voce è abilitata, nel caso contrario è disabilitata. Una volta che si seleziona una delle voci all'interno della schermata principale è anche possibile vedere tutta una serie di informazioni relativa a quella funzione.