PDFToolkit è uno strumento integrato per gestire file PDF in base a diverse modalità operative. Si offre prevalentemente per suddividere, unire, cifrare o decifrare con facilità qualsiasi tipo di documento PDF. L'applicativo riesce a interagire con i file in modo autonomo e non richiede pertanto la presenza nel proprio computer di Adobe Acrobat o Acrobat Reader. La sua finestra principale è chiare ed ordinata, facendo individuare in un attimo le opzioni più significative.
PDFToolkit è utilizzabile per dividere un file per pagine o salvare alcune pagine come un nuovo file. Al contempo si presta per unire file multipli o un insieme di pagine in un singolo documento PDF. Queste azioni vengono portate a termine senza modificare l'aspetto originario dei file, conservando anche form e link. Il programma permette di proteggere documenti PDF mediante un algoritmo di cifratura a 40 o 128 bit e vi è la possibilità di impostare dei permessi associabili a ciascun utente inerenti stampa, editing, copia ed altro ancora.