Little Alchemy 2 è un gioco che può essere considerato tanto un puzzle game quanto un gioco educativo, in cui dovrete imparare a riconoscere i vari elementi che vi verranno messi a disposizione e trova la combinazione corretta per crearne di nuovi.
In Little Alchemy 2 inizierete con i quattro elementi base, ovvero acqua, aria, terra e fuoco che vi verranno mostrati in una barra laterale sulla destra e da questo momento in poi inizierà la vostra sperimentazione; per giocare dovrete semplicemente trascinare uno degli elementi sul vostro tavolo da lavoro, quindi portarne un altro sopra e vedere se combinandoli assieme otterrete qualcosa di nuovo.
Nel caso abbiate trovato due elementi che possono essere combinati assieme, vi verrà presentato il nuovo elemento che avrete scoperto e verrà spostato nella vostra barra laterale, altrimenti sentirete un suono ad indicarvi la combinazione errata e potrete provare con qualcos'altro; sebbene inizierete con soli quattro elementi, vi accorgerete ben presto che le combinazioni sono numerosissime, talvolta combinando assieme due volte lo stesso elemento per ottenere una versione più potente o semplicemente qualcosa di diverso, ma tendenzialmente la maggior parte delle combinazioni saranno piuttosto semplici da intuire.
Sul lato sinistro dello schermo in Little Alchemy 2 avrete a disposizione quattro pulsanti, uno per ripulire il vostro piano di lavoro, uno per i settaggi del gioco, uno per l'enciclopedia e l'ultimo per ottenere un suggerimento, quest'ultimo particolarmente utile sopratutto nelle fasi avanzate del gioco, quando avrete centinaia di elementi a disposizione ma le combinazioni inizieranno a farsi sempre più esigue.