ImageJ è un applicativo basato su Java sviluppato per l'editing di immagini, il quale supporta vari formati fra i quali vi sono anche JPEG, BMP, GIF e TIFF. È dotato di un'interfaccia utente abbastanza intuitiva per rendere semplice la gestione dei file anche da parte di chi sia privo di conoscenze specifiche in materia di computer grafica. Le immagini sono importabili mediante un pratico file browser o con una più immediata funzionalità "drag and drop". Il programma prevede anche un insieme di plugin suddiviso in comode categorie e la gestione di macro per eseguire con immediatezza gruppi sequenziali di comandi.
ImageJ include anche comandi per cambiare alcuni parametri delle immagini rispetto ad esempio a luminosità, contrasto, palette dei colori e bilanciamento del bianco. Consente inoltre l'applicazione di filtri e maschere, oltre all'analisi delle proprietà principali visualizzabili in specifici istogrammi. Non manca poi la possibilità, mediante la barra degli strumenti principale, di svolgere operazioni geometriche sui file inerenti ritaglio, ridimensionamento, rotazione e capovolgimento orizzontale o verticale.
