FreeCommander dispone di una serie di strumenti per visualizzare il file system, e navigarlo o modificare file e cartelle contenute in esso. L'interfaccia principale si presenta con due finestre utili per la visualizzazione ad albero di percorsi e contenuti e una barra superiore contenete tutti gli strumenti a disposizione.
Tra le operazioni disponibili: copia, cancellazione, spostamento e rinomino di file e cartelle, suddivisione di grandi file in più parti, ricerca di file in directory e periferiche, ricerca file in archivi (Zip, Rar, Cab), connessione e disconnessione di periferiche di rete.
