DaemonFS è una comoda utility che permette di monitorare in tempo reale ogni cambiamento apportato ai propri file. L'interfaccia principale dell'applicazione risulta piuttosto scarna, ma permette di eseguire in maniera semplice le operazioni necessarie alla configurazione delle operazioni di monitoraggio. Sulla destra sono presenti tre pulsanti: uno che permette di aggiungere singoli file al catalogo di quelli da controllare, con la possibilità di selezionarne anche più di uno alla volta; uno per aggiungere intere cartelle alla lista; uno per resettare l'elenco nel caso in cui si vogliano eliminare tutti i file e le cartelle precedentemente aggiunti.
Una volta terminato il processo di selezione dei file, è necessario cliccare sul pulsante Start per dare il via al controllo. Ogni qual volta viene apportata una modifica ad un file presente tra quelli in elenco, DaemonFS lo riporta nella schermata principale, ed un piccolo popup di notifica compare nella barra del proprio ambiente desktop.