Core FTP Pro è la versione professional di Core FTP.
Come il fratello minore il software dispone della funzione drag and drop che permette il trasferimento dei file semplicemente trascinandolo all'interno dell'interfaccia utente del programma. Inoltre l'applicazione permette di gestire le connessioni, le sessioni, le code, l'utilizzo della banda e la cache.
Core FTP Pro supporta i protocolli SSL/TLS, SSH/SFTP, HTTP, HTTPS, IDN consente la crittografia dei file, il traceroute e si avvale di un'interfaccia a riga di comando.
Il software implementa poi altre funzionalità avanzate come il controllo della larghezza di banda di trasferimento, gli elenchi avanzati delle directory, la coda di più trasferimenti FTP su diversi siti e le sessioni.
In conclusione, Core FTP Pro mantiene tutte le buone caratteristiche delle versione lite e ne implementa di nuove dedicate agli utenti che hanno esigenze avanzate.