Captain Tray Pro lavora in maniera simile ai file manager ed ha un'interfaccia semplice ed intuitiva da cui l'utente può gestire le applicazioni che si avviano all'accensione del Pc. È possibile impostare una password di amministratore e utilizzare il programma in tre modalità:
- GUI (Graphics User Interface);
- CONSOLE (FAR);
- DOS (Norton Commander).
Può lavorare in tre modalità: system tray, nascosta, finestra. Tra gli upgrade disponibili, quello per la traduzione in lingua italiana.
